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회사에서 연말정산을 못할 경우 어떻게 해야 할까?

by 포트리스맨 2026. 1. 26.
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연말정산 시즌이 되면 대부분의 직장인은 회사에서 안내하는 절차에 따라 서류를 제출하고 정산을 마친다. 하지만 모든 근로자가 회사에서 연말정산을 할 수 있는 것은 아니다. 이직, 퇴사, 회사 사정 등으로 인해 회사에서 연말정산을 하지 못하는 경우도 의외로 많다. 이런 경우에는 어떻게 처리해야 할까?


회사에서 연말정산을 못하는 대표적인 경우

다음과 같은 상황에서는 회사에서 연말정산이 어려울 수 있다.

  • 연말 전에 퇴사한 경우
  • 연말정산 기간 중 이직 공백이 있는 경우
  • 회사가 연말정산을 대행하지 않는 경우
  • 개인 사정으로 서류 제출을 못한 경우

이런 상황이라고 해서 세금 정산을 포기해야 하는 것은 아니다. 다만 방법이 달라질 뿐이다.


회사 연말정산을 못했다면 ‘종합소득세 신고’로 해결

회사에서 연말정산을 하지 못한 근로자는 다음 해 5월에 진행되는 종합소득세 신고를 통해 정산할 수 있다.

종합소득세 신고는 국세청 홈택스를 통해 개인이 직접 진행하는 방식으로, 연말정산과 동일하게 소득·공제·세액 계산이 이루어진다.

즉,

회사 연말정산을 못했다고 해서 불이익이 생기는 것은 아니며
5월 종합소득세 신고로 대체 가능하다.


종합소득세 신고 시 필요한 기본 준비사항

연말정산을 대신해 종합소득세 신고를 할 경우, 다음 자료들이 필요하다.

  • 근로소득 원천징수영수증
  • 연말정산 간소화 자료 (의료비, 보험료, 교육비 등)
  • 신분증 및 본인 명의 계정

이 중 원천징수영수증은 이전 회사나 홈택스에서 확인할 수 있다.


환급도 받을 수 있을까?

많은 사람들이 “회사에서 연말정산을 못하면 환급을 못 받는 것 아니냐”고 걱정한다.
하지만 그렇지 않다.

종합소득세 신고 결과에 따라

  • 세금을 더 낸 경우 → 환급 가능
  • 덜 낸 경우 → 추가 납부

즉, 회사 연말정산과 결과 구조는 동일하다.


종합소득세 신고를 하지 않으면?

회사 연말정산을 못했는데 종합소득세 신고도 하지 않으면, 다음과 같은 불이익이 발생할 수 있다.

  • 환급 대상이어도 환급을 받지 못함
  • 신고 대상인데 미신고 시 가산세 발생 가능
  • 향후 세무 처리 시 불이익

따라서 회사 연말정산을 못했다면 5월 신고는 사실상 필수라고 보는 것이 안전하다.


이런 경우에는 특히 주의하자

  • 이직이 잦았던 해
  • 프리랜서 소득과 근로소득이 함께 있는 경우
  • 퇴사 후 장기간 무직이었던 경우

이런 경우에는 소득 구조가 복잡해질 수 있으므로, 홈택스 안내를 꼼꼼히 확인하거나 전문가 상담을 고려하는 것이 도움이 된다.


정리하며

회사에서 연말정산을 하지 못했다고 해서 큰 문제가 생기는 것은 아니다. 다만 이를 대신해 다음 해 5월 종합소득세 신고를 반드시 진행해야 하며, 이를 통해 환급이나 추가 납부가 정리된다.

본 글은 세무 상담이나 법적 판단을 대체하지 않는 일반적인 정보 제공용 콘텐츠이며, 개인 상황에 따라 결과가 달라질 수 있으므로 자세한 사항은 국세청 또는 전문가 상담을 통해 확인하는 것이 바람직하다.